داستان از جایی آغاز می‌شود که مری را نزد شوهر عمه‌اش می‌فرستند تا با او زندگی کند هر کس که تا به حال مری را دیده است متقاعد می‌شد او بد اخلاق‌ترین بچه‌ای است که تا به حال درعمرشان دیده‌اند مری در هندوستان به دنیا آمده و دخترکی همیشه مریض است پدرش مامور دولتی انگلیس در هندوستان و همیشه درگیر کار و البته همیشه هم بیمار بود مادر مری هم کارش رفتن به مهمانی و خوشگذرانی بود و اصلاً مری را نمی‌خواست بنابراین مری را به دایه اش سپرد تا دایه او را بزرگ کند دایه هم برای اینکه رضایت مادر مری را جلب کند مریه بد اخلاق و بیمار را دور از دید دیگران نگه می‌داشت مری به همین شیوه در انزوا بزرگ شد مری ۹ ساله شد یک روز صبح به جای پرستار همیشگی‌اش یک زن خدمتکار به مری خدمت کرد آن روز صبح روزی بود که وبا شیوع پیدا کرده بود و شب قبل هم دایه مری بر اثر این بیماری فوت کرده بود به سرعت تمام خدمتکاران خانه بر اثر بیماری ترسناک و وبا کشته شدن بعد هم پدر و مادر مری و با گرفتند و مردند و او در این دنیا تک و تنها شد هیچکس در خانه زنده نماند به جز مری و یک مار کوچک خزنده مری را پیش کشیش دهکده بردند که خودش هم ۵ بچه داشت و فقیر بود البته مری را به طور موقتی پیش کشیش گذاشته بودند و در نهایت مری را به انگلستان پیش شوهر عمه‌اش فرستادند مری وارد خانه شوهر عمه‌اش در حومه شهر می‌شود در آنجا برعکس هند که دایه مری تمام کارهای او حتی کفش پوشیدن را برایش انجام می‌داد خدمتکار مری سعیش را بر این می‌گذارد تا مری را مستقل بار بیاورد و به شیوه جدیدی تربیت کند اما مری کماکان بد خلق و عصبانی و با همه بد اخلاق رفتار می‌کرد البته مارتا خدمتکار جدید مری با او راه می‌آمد و هر دفعه مری را به محوطه بیرونی می‌فرستاد تا مری روحیه و آب و هوایش عوض شود مری در حال گشتو گذاردر محوطه به در قفل شده‌ای می‌رسد که متوجه می‌شود آقای کریون یعنی شوهر عمه‌اش وقتی همسرش به طور ناگهانی مرد آن را قفل کرد و به هیچکس اجازه ورود به باغ را نمی‌دهد و کلید آن را در سوراخی که در زمین کنده بود پنهان کرده مری هر روز به باغ می‌رفت و برای گذراندن وقتش به سرعت دور حوضچه خالی می‌دوید همین کار باعث شد مری جانی دوباره پیدا کند گونه‌هایش رنگ بگیرد و چشمانش بدرخشد مری کم کم دوستانی پیدا می‌کند مری کاوش در باغ را شروع می‌کند با توجه به قصه‌هایی که مارتا بر او تعریف کرده به دنبال یافتن راهی برای ورود به باغ مخفی می‌گردد مری در این بین صداهای عجیب و غریبی را در عمارت منزل شوهر عمه‌اش می‌شنود متوجه می‌شود پسر عمه ۱۰ ساله اش فلج و بیماراست او را در عمارت پیدا می‌کند او هم مانند مری بدخلق و بهانه گیر است مری با توجه به تجربه‌ای که در این مدت نسبت به طبیعت پیدا کرده پسر عموی خود را هم با خود همراه می‌کند مری با توجه به علاقه‌اش به باغبانی باغ متروک را تبدیل به مکانی زیبا می‌کند مری بالاخره کلید باغ مخفی را پیدا می‌کند و تمام جریانات او و پسر عمویش در این باغ مخفی رقم می‌خورد خواندن این رمان را به تمام طرفداران رمان‌های کلاسیک و علاقمند به رمان‌های کودک و نوجوان پیشنهاد می‌کنیم