داستان کیمیاگر درباره یک جوان چوپان اسپانیایی به نام سانتیاگو است که رویای دیدن گنج را در سر می پروراند و در جریان سفری به صحرای مصر،به درک عمیقی از زندگی و خود دست می یابد.
در این سفر سانتیاگو با افراد مختلفی آشنا می شود که به او کمک می کنند تا به گنج دست یابد.از جمله پیرمردی که او را به جستجوی گنج خود ترغیب می کند و همچنین یک زن مصری که به او آموزش می دهد چگونه به روح جهان و سرنوشت خود گوش فرا دهد.
در طول این سفر معنوی،سانتیاگو با چالش‌ها،شک و تردیدها و کشمکش های درونی خود روبرو می شود،اما در نهایت با پشتکار فراوان و حفظ امید موفق به یافتن گنج واقعی می شود.این گنج نه موهبتی مادی، بلکه درکی عمیق از خود و زندگی است.
داستان با پیام های معنوی و فلسفی خود،به خواننده الهام می بخشد تا به دنبال هدف و سرنوشت خود در زندگی باشد و همچنین به اهمیت پیروی از رویاها و گوش دادن به ندای درون،اتحاد با جهان هستی و معنای زندگی است و به مخاطب این نکته را یادآور می‌شود که همه چیز در جستجوی خویشتن به دست می آید.
این کتاب با مطالب آموزنده‌ و اخلاقی که دارد و همچنین نثر روان و گیرایی که دارد مخاطب را به سوی خود می کشاند و یکی از آثار پرطرفدار پائولو کوئیلو به شمار می‌رود.